Есть несколько параметров, которые могут поднять производительность MySQL, основные это :
key_buffer_size — буфер для работы с ключами и индексами
query_cache_size — буфер для работы с очередью
thread_cache_size — указывает количество тредов (threads), уходящих в кеш при отключении клиента. При новом подключении тред (thread) не создается, а берется из кеша, что позволяет экономить ресурсы при больших нагрузках.
Ориентировочно, key_buffer_size должен быть равен 1/8 части всей памяти системы, query_cache_size это 1/4 от всей памяти. thread_cache_size подберите эмпирическим способом, изменяя значение от 4 до 20