Тут на медне у меня ушли в мир иной пара винтов на сервере, которые были в одной LVM разделе. Бакапы давно никто не снимал, а информация с них была нужна. В общем после восстановления раздела, и проходы по нему fsck-ом, образовалась масса папочек, и многие из них были пустыми, так вот, что бы удалить все пустые папки, вы можете воспользоваться следующим:
find -depth -type d -empty -exec rmdir {} \;