3 варианат
mysqlcheck --repair --analyze --optimize --all-databases --auto-repair -u root -p
mysqlcheck -uroot -ppassword --auto-repair --check --optimize --all-databases
Второй вариант: (3-й ))
mysqlcheck -Aor –user=root –password=pass
A – применить опции для всех баз данных
r – выполнить REPAIR TABLE
o — оптимизация OPTIMIZE TABLE
user=root – логин root пользователя MySQL
password=rootpass – пароль root пользователя MySQL