Отдельно надо отметить возможности ncftpput & ncftpget. Они умеют работать рекурсивно. Например
ncftpput -u username -p XXXXMyPasswordXXXX -R example.com /www/ ./*
в /www удаленного сервера будут загружены все файлы и каталоги текущего каталога.
Копируем с удаленного сервера:
ncftpget -u username -p XXXXMyPasswordXXXX -R -T example.com ./ /www/*