В PHPMYADMIN выполнить комманду
Update
dle_post
SET
allow_main=0
WHERE
category NOT in (1000, 1001, 1002, 1003, 1004, 1005, 1006, 1007, 1008, 1009)
, где 1000, 1001, 1002, 1003, 1004, 1005, 1006, 1007, 1008, 1009 — єто айди тех категорий что останутся на главной
Айди которых можно узнать в админке ДЛЕ на странице /admin.php?mod=categories